Строительство больницы началось в марте 1965 г., а 27 марта 1968 г. состоялось ее открытие и, как рассказывают ветераны больницы, ее тогдашним сотрудникам многое приходилось делать своими руками: убирать строительный мусор, наводить чистоту, заносить и устанавливать оборудование, койки и мебель, в свободное от работы время высаживать в парке деревья.
Первым был подготовлен к открытию главный корпус, где были развернуты хирургическое, терапевтическое, урологическое, неврологическое и травматологическое отделения, в состав которых входили и стоматологические койки. Кроме того, были подготовлены к работе приемное, рентгенологическое, физиотерапевтическое, лабораторное, административно- хозяйственное отделения и аптека.По мере подготовки помещений открылись: поликлиническое, затем ЛОР, глазное, ревматологическое и инфекционное отделения.В 1970 году была произведена реорганизация отделений больницы. Выделены в самостоятельные: стоматологическое и гастроэнтерологическое отделения. Создано эндоскопическое отделение.Наверное сегодня нет нужды глубоко уходить в историю больницы, тем не менее отметим, что на протяжении этих сорока лет она росла, развивалась, мужала и совершенствовалась по всем своим параметрам, по всему назначению – поддержке и охране здоровья жителей нашего города, да и всей нашей области в целом. Можно смело сказать, что в настоящее время это одно из крупных многопрофильных стационаров г. Томска. На сегодняшний день «Городская клиническая больница №3 им. Б. И. Альперовича» — это стационар на 415 коек и поликлиника, обслуживающая 45500 человек прикрепленного населения Кировского района г. Томска.Стационар оснащен современными приборами, аппаратурой и медицинским оборудованием. Постоянно ведется работа по внедрению в клиническую практику новых методов диагностики и лечения. Неуклонно растет качество медицинского обслуживания пациентов.